Uzrok afti je nepoznat. Obimnim istraživanjima u svetu došlo se do saznanja da neki faktori ipak mogu dovesti do aftoznih promena. One se mogu javiti u toku nekih anemija, dijabeta, nekih oboljenja digestivnoh trakta, kao i u toku SIDA-e.
Od ostalih faktora koji imaju uticaja na nastanak afti izdvajamo:
NASLEĐE - kao dokaz da nasleđe utiče na pojavu ovih promena ističe se činjenica da se ona nekada javlja kod članova iste porodice. Ovde se verovatno radi samo o predispoziciji za nastanak afti. Bolesnici čiji su roditelji imali afte imaju 90% veću čansu sami da ih dobiju;
ENDOKRINI POEMEĆAJI - od kojih se posebno ističe poremećaj u funkciji polnih žlezdi. Smatra se da postoji direktna veza između nivoa progesterona u krvi i aftoznih lezija, što potvrđuje i činjenica da se afte češće javljaju kod žena;
PSIHOGENI FAKTOR - smatra se da briga, napetost ili frustracija može da na određen način izazove skupljanje krvnih sudova u ustima, što dovodi do lokalne nekroze i stvaranja afti;
BAKTERIJSKE I VIRUSNE INFEKCIJE - mišljenje je da afte mogu biti izazvane nekim bakterijama odnosno virusima. Okrivljuju se Esherichia colli i Herpes simplex virus. Sa druge strane postoje brojna istraživanja koja negiraju ovakve tvrdnje;
ALERGIJA - veliki broj dokaza upućuje na to da su afte alergijske prirode. Međutim ni ova teorija ne može objasniti nastanak promena kod nekih bolesnika kod kojih je alergija bila isključena;